Dal punto di vista ecclesiale,
il relativismo, il carattere esoterico del sapere e l'impossibilità di conoscere la verità, rappresentano i tratti fondamentali dell’inconciliabilità tra Fede Cristiana e Massoneria.
Se da un lato,
la Massoneria insiste nel non voler essere considerata una religione, dall'altro, le origini “mitiche” della stessa fanno riferimento ad un nucleo segreto che sta dietro tutte le religioni e le unifica. Dunque, tale organizzazione, facendo perno sul suo metodo, sul concetto di derivazione esoterica di un'unità sottostante tutte le religioni e sul razionalismo, sottolineando gli aspetti di libera ricerca razionale della verità e di discussione democratica in loggia, svincola se stessa dall'essere una religione e si afferma, invece, per le sue peculiari caratteristiche, come una categoria a parte.
Non essendo la Massoneria una religione è lecito chiedersi come mai, così spesso, è stata oggetto di studio ed indagine da parte di chi si occupa di
scienze religiose o di fenomeni di nuova religiosità. La risposta va individuata sia nel suo metodo letto in relazione alle esigenze storiche, sociologiche e culturali che ne hanno favorito la nascita, sia nel fatto che l'esperienza proposta dalle varie obbedienze massoniche si rivolge comunque alla sfera spirituale e morale dell'uomo e dunque ha in sé un'accezione in qualche modo religiosa. Dal punto di vista storico, sociologico e culturale,
la Massoneria si presenta come una risposta al pluralismo ideologico moderno, che propone come chiave di comprensione dello stesso il relativismo, cioè l'idea per cui non esiste alcuna verità religiosa o essa è soltanto relativa e che in fondo tutte le religioni sono uguali.
Il relativismo è una prospettiva maggioritaria nell'occidente secolarizzato, dove il “credere senza appartenere” o il “credo a modo mio” caratterizzano la religiosità dell'uomo comune. La relazione fra Massoneria e relativismo è una relazione diretta, infatti il metodo massonico, come già sopra riferito, è espressamente relativistico, ma anche perchè la Massoneria rappresenta uno degli esisti e delle risposte al processo di frammentazione dottrinale che caratterizza il mondo moderno.
Soffermandoci in particolare su tale ultimo aspetto, la risposta massonica mirava all’instaurazione di una norma di comportamento che vietava di trattare in loggia questioni di religione e politica e perciò scansava i problemi su cui si poteva divergere. Al contempo, proponeva una diversa riconquista dell'omogeneità, ottenuta per via iniziatica, con l'idea di un’unità trascendente delle religioni. Il problema del relativismo si inquadra nel tema più generale del secolare processo di progressivo allontanamento dalla verità cattolica. Strettamente collegato a tale problematica è anche quella dell'antidogmatismo che costituisce uno degli aspetti su cui tanto si è disquisito e rappresenta una delle
accuse da parte della Chiesa alla Massoneria additata come associazione che pensa una religione senza dogmi. Tale affermazione viene considerata non vera quando ci si riferisce ai dogmi di fede e vera quando si riferisce ai luoghi comuni. Ebbene il presunto dogmatismo massonico va attribuito ad un rifiuto del pregiudizio e del preconcetto che tengono lontani dalla verità e rappresentano insormontabili ostacoli al suo raggiungimento. Spesso, è accaduto che pregiudizi e preconcetti sono diventati dogmi, verità indiscutibili su cui non è lecito alcun dubbio e che non accettano alcun confronto. Da ciò l'aperta lotta della Massoneria che, dichiaratasi acerrima nemica degli stessi è stata tacciata antidogmatica. Resta comunque un punto fermo: la Massoneria sa bene che ogni fede e ogni religione ha i propri dogmi, né potrebbe essere diversamente. Dunque essa si pone non contro i dogmi della fede ma contro i dogmi laici del pregiudizio.
L'articolo 9 della costituzione del Goi precisa che “
il libero muratore rifiuta il dogmatismo e non accetta limiti alla ricerca della verità”. Non di rado si è ritenuto che né la Massoneria né il singolo massone avessero verità da presentare e da difendere ed in ciò risiederebbe il loro atteggiamento tollerante ed antidogmatico e la loro libertà di pensiero. Questa concezione, sostenuta in particolare dalla Chiesa, non sempre rispecchia la natura e la prassi massonica nei templi e nel mondo e non tiene conto di quanto affermato nelle costituzioni e nella tradizione massonica, ma porta con sé una profonda confusione tra ricerca della verità, assolutezza delle verità e fondamento della verità. Un altro carattere discriminante della posizione massonica consiste nel ritenere che l'uomo sia compartecipe della costruzione dell'universo veritativo: questo universo è costituito da verità che l'uomo ha raggiunto, da altre a cui l'uomo tende, da verità a lui ancora sconosciute e da verità a cui ha partecipato alla loro costituzione.
La ricerca della verità è una via fondamentale al cammino iniziatico per cui si può affermare che:

la tradizione massonica è portatrice di verità il cui fondamento è collegato allo sviluppo storico del pensiero e della prassi massonica. Queste verità hanno un diverso fondamento: sono verità razionali, esoteriche, intuitive e spirituali;
la ricerca della verità è un obiettivo fondamentale del cammino massonico;
l'istituzione massonica si propone di presentare e difendere le proprie verità.
La concezione massonica della verità, quindi, nega ogni forma di relativismo, secondo cui esistono solo opinioni e non verità e allo stesso tempo sollecita un atteggiamento di rispetto e dialogo verso le diverse verità considerate come differenti prospettive che si completano vicendevolmente.
In conclusione, si può constatare che Massoneria e Chiesa sono due distinte entità con caratteristiche e con sfere di influenze differenti. Pertanto, la dichiarazione di inconciliabilità tra le stesse, da parte della Chiesa, può essere intesa non come sentenza di condanna o di un assoluto giudizio negativo ma come consapevolezza dell'accennata diversità in una prospettiva di dialogo.